L'archivio è costituito da quattro serie, delle quali due sono relative al carteggio amministrativo e riguardano rispettivamente il periodo dal 1941 al 1959 e gli anni successivi al 1960. La terza è costituita dai Protocolli della corrispondenza, che cronologicamente iniziano dal 1941, anno di origine dell'Istituto archivistico di Perugia, e giungono al 2005. La quarta serie comprende i Registri della contabilità dal 1959 al 2005.
Il primo nucleo documentario (I serie) è organizzato a sua volta in serie che rispecchiano sostanzialmente le funzioni che svolgeva l'Istituto. Il secondo invece è regolato dal titolario diffuso dal Ministero dell'Interno nel 1960, costituito da quindici categorie, alle quali sono assegnati fascicoli annuali, che quindi si ripetono di anno in anno.
Nel 2006 la struttura dell'archivio cambia di nuovo, a seguito dell'introduzione da parte del Ministero per i beni e le attività culturali di un titolario comune a tutti gli uffici e del sistema di protocollo informatico.
Finalità del lavoro di riordinamento, appena compiuto, è stata la ricostruzione della struttura dell'archivio sulla base dell'ordinamento via via assegnatogli dall'Istituto.
Nel corso dell'analisi della documentazione si sono rinvenute grandi quantità di copie fotostatiche, prodotte a partire dal 1970, e di documenti di scarso rilievo, per i quali si è predisposto un piano di eliminazione.
L'inventario analitico è consultabile alla pagina "Ricerca e consultazione" del sito web dell'Archivio di Stato di Perugia.
I fascicoli compresi in questa Prima Serie si formarono non secondo un titolario di classificazione, adottato dall'Ufficio solo a partire dal 1960, seguendo le direttive via via emanate dal Ministero dell'Interno (la circolare ufficiale è la n. 2 del 3 gennaio 1961), ma secondo criteri che riflettevano le funzioni dell'Archivio di Stato. Il complesso documentario è costituito non soltanto dalle carte prodotte a partire dal 1941, data dell'istituzione dell'Ente, ma anche da quelle relative ad anni precedenti, ritenute ancora necessarie allo svolgimento delle pratiche d'ufficio. La serie si articola in tredici sottoserie, ciascuna delle quali comprende numerosi fascicoli disposti in ordine cronologico progressivo, ai quali si è attribuito un numero d'ordine crescente.
Già a partire dal 1960 viene applicato il Titolario di classificazione per l'archiviazione dei documenti prodotti, costituito da un numero romano (categoria), seguito da un numero arabo progressivo (identificativo dello specifico oggetto trattato). I documenti vengono archiviati anno per anno, secondo le quindici categorie del Titolario, con la ripartizione puntuale dei temi descritti, che rimangono invariati nel susseguirsi degli anni. Questa Seconda Serie copre l'arco cronologico dal 1960 al 2005, anno in cui è stato adottato il protocollo informatico per la gestione del flusso documentale. A partire dal 1970 si è proceduto alle operazioni di scarto del materiale ritenuto superfluo ai fini della conservazione permanente, perchè contenuto in altri documenti o perchè di valore puramente transitorio.
La serie è costituita dai Protocolli della corrispondenza, che cronologicamente iniziano dal 1941, anno dell'istituzione della Sezione di Archivio di Stato di Perugia, e giungono al 2005. I registri, nei quali è indicata la documentazione inviata e ricevuta dall'Istituto, sono di fondamentale importanza sia per comprenderne le attribuzioni che per facilitare la ricerca. Se fino al 31 dicembre 1959 i documenti non hanno classifica, a partire dal gennaio 1960 l'Istituto comincia a classificare la sua produzione documentaria. Il Ministero dell'Interno, dal quale dipendevano gli Archivi di Stato, impose l'obbligo di adottare per quella data il titolario da poco elaborato, destinato a rimanere in vigore fino al 2005, quando i documenti saranno classificati elettronicamente sulla base di un nuovo titolario.
Serie IV Registri della contabilità - (1959 - 2005)
Archivio di Stato di Perugia - (1941 - 2005)
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