L’Archivio di Stato di Perugia venne istituito, come Sezione di Archivio di Stato, con D.M. 20 marzo 1941. L'Istituto ha sede in una vasta ala del complesso monumentale del convento di San Domenico.I frati Predicatori si insediarono a Perugia fra 1233 e 1234, ottenendo dal Comune cittadino un terreno sito in porta San Pietro sul quale iniziarono subito a costruire una piccola struttura conventuale e una chiesa intitolata a San Domenico. Essa venne poi inglobata fra il primo e il secondo chiostro, nel corso dei secolari lavori di ampliamento del convento: attualmente essa, di cui è ancora ben riconoscibile la bella facciata in pietre bianche e rosse con portale gemino, ospita uno dei depositi dell’Archivio di Stato. Il programma di ampliamento del convento ebbe una forte spinta grazie alla figura di Leonardo Mansueti, perugino, Maestro generale dell’Ordine tra 1474 e 1480; vennero così realizzati i nuovi dormitori, la grande sala destinata alla biblioteca, il grande chiostro con 40 colonne in travertino. La sala della biblioteca, oggi sala conferenze dell’Archivio di Stato, richiama da vicino la biblioteca fiorentina del convento domenicano di S. Marco a Firenze e la biblioteca Malatestiana di Cesena.
Con la soppressione postunitaria delle corporazioni religiose, il convento venne concesso al Comune, ma fu presto utilizzato come caserma, ospitando anche il 51° Reggimento fanteria della brigata Alpi.
Dopo la seconda guerra mondiale esso venne assegnato a sede dei Musei civici e dell’Archivio di Stato, che vi ha sede dal 1947. Il complesso è attualmente di proprietà demaniale.
I lunghi lavori di restauro e adeguamento
I lavori di recupero e restauro iniziati da allora hanno registrato una forte accelerazione in seguito ai gravi danni subiti dalla struttura a causa del sisma del settembre 1997: oltre a importanti interventi di consolidamento in varie zone dell’edificio, sono stati realizzati negli ultimi anni il pavimento in cotto del salone della Biblioteca, il nuovo allestimento con scaffalature compatte nei depositi VIII e IX, la nuova sala di studio, la nuova sala di consultazione della biblioteca d’Istituto, il recupero dei sotterranei dell’edificio e il loro allestimento ad area espositiva. Nel 2007 sono stato acquisiti nuovi locali, oggi interessati da interventi di adeguamento impiantistico per la destinazione d’uso come depositi archivistici. A completamento del percorso di adeguamento strutturale e impiantistico occorrerà procedere con il conseguimento del Certificato di Prevenzione Incendi. Alla fine del 2014 è stato realizzato un lavoro di recupero e sistemazione dell'area del chiostro interno del complesso di San Domenico, di pertinenza dell'Archivio di Stato.