Il patrimonio della Sezione di Gubbio si è costituito a partire dai due nuclei documentari che erano conservati presso la biblioteca comunale: l'archivio del Comune di Gubbio e la raccolta Armanni.
Archivio del Comune e raccolta Armanni
Del primo fa parte in primo luogo l’archivio Diplomatico (1141 – 1760), comprendente diplomi imperiali di protezione e di concessione emanati rispettivamente da Federico I, Enrico VI, Ottone IV, fino a un diploma di Federico II, datum per mano di Pier delle Vigne nel maggio 1248 ; è inoltre conservato il documento pontificio di canonizzazione del vescovo di Gubbio, Ubaldo, emanato da Celestino III, il 5 marzo 1192. Fra le serie più preziose meritano un cenno: gli Statuti, gli Ordinamenti, i Capitoli (secoli XIV - XVII), al cui interno si conserva lo statuto del Comune e del Popolo di Gubbio del 1338, in copia autentica datata 1371; le Riformanze (1226-1815); il Carteggio amministrativo, articolato in quattro gruppi, dal XIV al XX secolo; i Catasti antichi (1653 – 1835), di cui fa parte la documentazione del primo catasto geometrico-particellare del territorio di Gubbio (1768), opera del geometra bolognese Giuseppe Maria Ghelli (27 mappe e 48 brogliardi).
È celebre e preziosa la raccolta di manoscritti realizzata nel secolo XVII dal letterato e storico eugubino Vincenzo Armanni, poi via via incrementata nel corso dei secoli fino ad accogliere praticamente tutti i manoscritti acquisiti dalle biblioteche cittadine. Donata nel 1684 alla Biblioteca Sperelliana, poi biblioteca comunale, nei primi anni del Novecento la raccolta Armanni venne trasferita, in considerazione del suo rilievo per la storia della città, nella stessa sede dell’archivio comunale. Concepita dal suo stesso autore come “tesoro” di carte e perciò come una raccolta ibrida di manoscritti di natura documentaria e libraria, essa conserva un ricco fondo pergamenaceo, memorie e cronache di storia della città e di storia di alcune grandi famiglie, opere di carattere letterario e scientifico; nel fondo confluirono anche pezzi documentari acquisiti dal Comune o donati da famiglie della città.
Corporazioni religiose soppresse
Fanno parte del patrimonio documentario della Sezione anche gli archivi delle Corporazioni religiose soppresse, provenienti da conventi e monasteri di Gubbio e del suo territorio (secoli XIII-XIX). Una particolare segnalazione merita la serie dei Corali (XIII – XVI secolo), libri liturgici miniati e decorati, provenienti dalle chiese di S. Domenico e di S. Pietro di Gubbio.
Archivio della Congregazione di carità
Consistente la documentazione che costituisce l’archivio delle Istituzioni di assistenza e beneficenza, cui si è aggiunto nel 1999 un ulteriore nucleo documentario, proveniente dall'ospedale di Gubbio (secc. XIV-XIX).
Archivi dei notai
L’archivio notarile (1314 – 1936) contiene gli atti dei notai del Mandamento di Gubbio, comprendente i territori dei Comuni di Gubbio, Scheggia – Pascelupo, Costacciaro e Pietralunga.
A seguito degli eventi sismici del 1997, è conservato presso la Sezione di Gubbio anche l'archivio Notarile di Nocera Umbra (1134 protocolli, 1403 - 1924).
Catasti
Provengono dall’Ufficio distrettuale delle Imposte Dirette di Gubbio i registri e le mappe del Catasto Gregoriano (1835-1956), del Nuovo catasto terreni (1955 – 1978) e del Nuovo catasto edilizio urbano (1962 – 1977).
Archivi familiari
Si segnalano le carte dei conti Della Porta (secoli XV- XX), famiglia originaria di Modena, trasferitasi a Gubbio nel 1516 con Gianmaria, al seguito del duca d’Urbino Francesco Maria della Rovere, al servizio del quale ricoprì importanti incarichi. La famiglia acquisì tra XVI e XVIII secolo i feudi di Frontone, Biscina e Carpini situati rispettivamente tra Pergola e Sassoferrato, tra Gubbio e Perugia, tra Pietralunga e Montone, dei quali conservò la giurisdizione feudale fino al periodo napoleonico.